1893年11月12日巴素利登报招收会员，球队于11月15日正式成立。在成立初期球队的战绩乏善可陈，直到成立40年后的1933年才首次夺得瑞士杯冠军，球队其后于1947年再次赢得瑞士杯，在1953年首次夺得联赛冠军。
球队在1960年代及1970年代取得辉煌的成绩，共夺得7次联赛冠军（1967年、1969年、1970年、1972年、1973年、1977年及1980年）和3届瑞士杯冠军（1963年、1967年及1975年），同时在1973年获得瑞士联赛杯及1969年和1970年连续两届的阿尔卑斯山杯。当时的巴素利除在国内处于领导地位，更成为欧洲球坛的新兴势力。
1980年代是巴素利的黑暗年代，球队战绩下滑，更于1988年降级到国家乙级联赛（Nationalliga B），直到1994年才获得乙级联赛冠军，回升国家甲级联赛（Nationalliga A），但低潮期整整维持20年。
当圣雅科布公园球场（St. Jakob-Park）在2001年启用后，巴素利的战绩重回巅峰，于2002年获得联赛及瑞士杯双料冠军，翌年更在欧冠外围赛先后淘汰斯利纳及些路迪，成为史上第二支晋级欧冠分组赛的瑞士球队。欧冠第一轮分组赛被编入B组，6战2胜3和1负得9分，包括两胜榜末的莫斯科斯巴达克及主客两场逼平利物浦，最终排名小组第二，仅次于华伦西亚而力压利物浦出线第二轮分组赛。第二轮分组赛被编入D组，6战2胜1和3负得7分，主场分别击败尤文图斯及拉科鲁尼亚，除曼联得13分排首位外，其余三队同得7分，三队对赛成绩最佳的祖云达斯获得次名出线，巴素利排第三位光荣出局。
此后，巴素利又连续夺得2003–04年及2004–05年两届联赛冠军。2004–05赛季，球队在欧冠外围赛遭遇强大的国际米兰，两回合累计2-5被淘汰而落入欧洲足协杯，第一圈外围赛两回合累计3-1淘汰-{zh-hans:格罗兹尼捷列克;zh-tw:格罗兹尼捷列克;zh-hk:泰历克;}-，分组赛在A组与飞燕诺及沙尔克04同得7分携手出线，第一圈淘汰赛两回合累计0-2负于-{zh-cn:里尔;zh-hk:里尔;zh-tw:里耳;zh-mo:利尔;}-而止步。2005–06赛季，在欧冠外围赛两回合累计2-4负于云达不莱梅，再次落入欧洲足协杯，第一圈外围赛两回合累计6-0轻松淘汰施洛奇伯拉治，分组赛在E组排第三仅获出线，第一圈淘汰赛两回合累计2-1击败摩纳哥，第二圈淘汰赛重遇曾在分组赛主场0-2见负的斯特拉斯堡，两回合累计4-2成功复仇，晋级半准决赛对米杜士堡，首回合主场先胜2-0，但次回合作客惨败1-4，两回合累计负3-4被淘汰。
2005–06球季，巴素利追求三连冠，在2006年2月26日打破球队主场52场不败纪录，到球季最后一场主场对3分落后排次席的FC苏黎世，当时巴素利主场不败纪录已增加到59场，只要保持60场不败即可夺得冠军，完成三连冠伟业。开场后，FC苏黎世先开纪录，-{zh-hans:姆拉登·彼得里奇;zh-hk:柏历;}-为巴素利扳成1-1平手，直到补时的93分钟，尤利安·菲利佩斯库为FC苏黎世射入奠胜球终场成2-1，FC苏黎世以绝对的得失球差优势（+50球对巴素利的+45球）夺得联赛冠军，赛后更引发被称为「-{zh-hans:巴塞尔;zh-hk:巴塞尔;}-耻辱」（Disgrace of Basel）的球迷骚动。次FC苏黎世再以1分的微小差距，力压巴素利成功卫冕。
2007–08球季开赛前，巴素利增兵以求重夺冠军，先从史特加购回瑞士国脚-{zh-hans:马尔科·斯特雷勒;zh-hk:史卓拿;}-，-{zh-hans:本雅明·胡格尔; zh-hk:晓高;}-亦从法兰克福投效，再从慕逊加柏借回-{zh-hans:达维德·德根;zh-hk:大卫迪根;}-（David Degen）。但球迷宠儿-{zh-hans:姆拉登·彼得里奇;zh-hk:柏历;}-以约350万欧元转投多蒙特，而后卫-{zh-hans:鲍里斯·斯米里亚尼奇;zh-hk:施米赞历;}-（Boris Smiljanić）则返回前属的草蜢。本赛季巴素利在欧洲足协杯第二圈外围赛两回合累计6-1大胜马特斯堡，晋级第一圈外围赛对萨拉热窝亦轻松累计8-1过关。分组赛在D组4战2胜2和不败排第二位出线，淘汰赛阶段32强对士砵亭，两回合累计0-5被淘汰出局。
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